Tanque Principal
Na ilha da Madeira os principais ambientes costeiros são costas rochosas caracterizadas por pequenas praias de calhau rolado, blocos basálticos e escoadas de lava, enquanto o ambiente subtidal (abaixo da zona de marés) é composto essencialmente por basalto, terminando num substrato arenoso que aparece mais ou menos entre os 15 e os 30 metros de profundidade consoante o local.

O tanque principal do aquário pretende ser elucidativo dos fundos rochosos e/ou mistos que existem ao longo da ilha da Madeira, demonstrando a diversidade da ictiofauna costeira. Assim, tem-se peixes solitários e territoriais, como as garoupas (Serranus atricauda) e os badejos (Mycteroperca fusca); peixes que formam cardumes, como sejam as bogas (Boops boops) e os facaios (Trachinotus ovatus); peixes pequenos, como as castanhetas baias (Chromis limbata), os peixes verdes (Thalassoma pavo) e os sapinhos (Sphoeroides marmoratus); peixes grandes e velozes predadores, como os encharéus (Pseudocaranx dentex); espécies indígenas ou nativas, como os pargos (Pagrus pagrus e Dentex gibbosus) e espécies introduzidas, como o caso da dourada (Sparus aurata), mas que actualmente ainda não se reproduz no meio natural.

Neste tanque um destaque particular para as espécies de peixes cartilagíneos (ex. tubarões e raias) que foram capturados nas águas próximas ao aquário e que nadam de um lado para o outro do tanque. Como que “esvoaçando” por entre a água do tanque temos a ratão águia (Myliobatis aquila), o qual se cruza com a bonita raia da Madeira de dorso pintalgado (Raja maderensis) e que muitas vezes se juntam aos ratões (Dasyatis pastinaca) e à raia borboleta (Gymnura altavela), escondidos nos fundos de areia. Em plena coluna de água e nadando vigorosamente podem ver-se as canejas (Mustelus mustelus), espécie de tubarão que ocorre predominantemente entre os 5-50 metros de profundidade, mas que pode ir até aos 350 m, normalmente não ultrapassando os 150 cm de comprimento total.
 
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