O edifício do Aquário da Madeira é uma réplica de um forte de invocação a São João Baptista, ali precisamente localizado. Este forte foi edificado em 1730 como resposta a investidas e ataques perpetrados por piratas à povoação do Porto Moniz. Nessa altura, o Porto Moniz era o local de desembarque mais importante do norte da ilha, daí a urgência em defender os habitantes e as suas riquezas, bem como a sua produção agrícola e a antiga igreja, situada mais próxima ao mar que a igreja actual. A História conta algumas situações de ataque ao Porto Moniz por parte de corsários magrebinos, especialmente da Argélia e de Marrocos. Por esta razão o forte estava equipado com armas de fogo diversas e de alcance considerável para permitir uma protecção eficaz.
Contudo, cerca de um século após a sua construção e segundo os registos da época, o forte encontrava-se já votado ao abandono, com a maior parte da sua artilharia original já bastante deteriorada. Apesar dos esforços de algumas entidades para se proceder à sua reabilitação, a corte não o considerou imprescindível. O tempo e a maresia passaram pelo forte, até que, adulterado e obsoleto, foi negociado em hasta pública no final do séc. XIX.
As ruínas de um forte praticamente inexistente foram em 1998 adquiridas pela Câmara Municipal do Porto Moniz, que se prontificou a recuperá-lo e reconstitui-lo ao máximo, dando-lhe o aspecto original segundo a iconografia existente. Como é evidente, o interior do forte sofreu as adaptações necessárias à acomodação do actual Aquário.
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